연말정산 회사가 제출해야 하는 서류(원천징수이행상황신고서, 근로소득 지급명세서, 의료비 지급명세서)

원천징수의무자인 회사는 연말정산 과정에서 근로자의 소득/세액 정보 확인 후 세무서에 원천징수이행상황신고서와 근로소득 지급명세서 등 서류를 제출해야 합니다. 제출 서류에 대해 자세히 알아보겠습니다.

 

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원천징수이행상황신고서

원천징수이행상황신고서는 직원에게 지급한 월급에서 미리 세금을 떼어 낸 내용을 보고하는 서류입니다.
예를 들어, 회사가 직원의 월급에서 소득세를 미리 뗐다면, 이 내용을 세무서에 신고해야 합니다.

 

제출시기
월급에서 세금을 뗀 달의 다음 달 10일까지 제출해야 합니다.
만약 세금을 떼지 않은 경우에도, 월급을 지급한 내용을 신고서에 포함해서 제출해야 합니다.

 

제출방법
세금 납부서와 함께 금융기관에 세금을 납부하고, 원천징수이행상황신고서는 국세청(세무서)에 제출하면 됩니다.

 

근로소득 지급명세서

근로소득 지급명세서는 회사가 직원들에게 지급한 급여에 대한 내용을 기록한 서류입니다. 이 서류를 세무서에 제출해야 세금이 제대로 계산되고, 직원들이 연말정산에서 세금 혜택을 받을 수 있습니다.

• 직원에게 급여를 지급한 모든 사람이나 회사는 근로소득 지급명세서를 제출해야 합니다.
• 회사뿐만 아니라 개인사업자나 비사업자도 포함됩니다.

제출시기

직원에게 급여를 지급한 다음 해 3월 10일까지 제출해야 합니다.

• 만약 회사가 문을 닫거나(폐업), 운영을 중단(휴업)했다면, 휴업·폐업일이 속한 달의 다음 다음달 말일까지 제출해야 합니다.
• 12월 급여를 다음 해 2월 말까지 지급하지 않았더라도, 제출 기한은 변하지 않고 다음 해 3월 10일까지 제출해야 합니다.

제출방법

인터넷 제출 (홈택스 사용)

• 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)에 접속해 서류를 작성하고 제출할 수 있습니다.
• 직접 작성하거나, 회사 프로그램으로 만든 전산파일을 업로드하여 제출합니다.

전산매체(CD 등) 제출

• 회사에서 사용하는 프로그램으로 서류를 만든 뒤, 이를 CD 등에 저장해 세무서에 제출합니다.
• 국세청에서 제공하는 ‘지급명세서 전산매체 제출요령’을 참고해 파일 형식을 맞춰야 합니다.

서면 제출

• 직전 과세기간에 지급명세서를 50매 미만으로 제출했거나, 상시 근로자가 10명 이하인 경우에는 서면 제출이 가능합니다.
• 이 경우 소득자료제출집계표를 각 권마다 부착해 제출해야 합니다.

 

지급명세서 관련 가산세

지급명세서를 제출하지 않거나, 잘못 작성하거나, 늦게 제출하면 벌금을 내야 합니다.

• 제출하지 않은 경우: 지급금액의 1%
• 잘못된 경우: 지급금액의 1%
• 늦게 제출한 경우: 지급금액의 0.5% (3개월 이내 제출 시)

벌금을 피하려면 정확하고 기한 내에 제출해야 합니다.

 

지급명세서를 제출하지 않은 경우

해당 지급금액의 1%에 해당하는 금액이 벌금으로 부과됩니다.
예를 들어, 지급금액이 1억 원이면 100만 원의 벌금이 부과됩니다.

 

지급명세서가 불분명한 경우

지급명세서에 아래 사항이 잘못되어 있거나 빠져 있다면, 지급금액의 1%에 해당하는 벌금이 부과됩니다.

• 주소, 이름, 주민등록번호, 사업자등록번호 등이 빠졌거나 잘못 적힌 경우
• 소득의 종류, 지급연도, 지급액 등이 잘못 기록된 경우
• 주식 관련 소득이라면 유가증권표준코드가 빠졌거나 잘못 기재된 경우
• 퇴직소득세를 기록하지 않았거나 잘못 기록한 경우

제출이 늦는 경우

 

지급명세서를 제출해야 하는 기한을 넘기더라도, 3개월 이내에 제출하면 벌금이 조금 줄어듭니다.

• 이 경우 지급금액의 0.5%만 부과됩니다.
  예를 들어, 지급금액이 1억 원이라면 50만 원의 벌금이 부과됩니다.

벌금의 최대 금액은?

• 중소기업: 최대 5천만 원
• 중소기업이 아닌 경우: 최대 1억 원
  하지만 고의로 제출하지 않거나 잘못 작성한 경우에는 한도가 없습니다.

 

의료비 지급명세서

회사는 직원이 낸 의료비를 세금에서 공제받을 수 있도록 의료비 지급명세서를 작성해서 세무서에 제출해야 합니다.

 

제출시기

2025년 3월 10일까지 제출해야 합니다.
근로소득 지급명세서와 기부금명세서와 함께 제출해야 합니다.

 

제출방법

의료비 지급명세서는 전산파일로 작성해서 제출합니다.

홈택스 전자제출

• 국세청의 홈택스(www.hometax.go.kr)에서 인터넷으로 제출합니다.
• 근로소득 지급명세서 메뉴에서 의료비 지급명세서를 작성하고 업로드하면 됩니다.

CD 등에 저장해 제출

• 의료비 정보를 전산파일로 저장한 뒤, CD에 저장합니다.
• 이 CD를 원천징수 관할 세무서에 직접 제출하면 됩니다.

홈택스의 자료실에 있는 ‘지급명세서 전산매체 제출요령’을 참고하면 됩니다.
의료비 지급명세서를 정확히 작성해 기한 내에 제출하면 세금 공제 처리가 원활해집니다.

 

결론

이상으로 연말정산시 원천징수의무자인 회사가 국세청에 제출해야 할 자료에 대해 알아봤습니다. 유용한 정보가 되었기를 바랍니다.